Com um acervo com milhares de peças, o Instituto Histórico, Geográfico e Arqueológico de Ilhabela constantemente realiza importantes descobertas.
Ilhabela possui um patrimônio cultural valiosíssimo, com o maior número de sítios arqueológicos do Litoral Norte, nas ilhas de São Sebastião*, dos Búzios, dos Pescadores e da Vitória - 38 cadastrados no Instituto do Patrimônio Histórico e Artístico Nacional (até 04/2012) e dezenas de outros a serem cadastrados.
Um destes sítios prova que Ilhabela foi habitada há pelo menos 1920 anos, bem antes da chegada dos europeus no século XVI.
Abaixo, os principais sítios encontrados no Arquipélago de Ilhabela:

SAMBAQUIS
Conhecidos em outras regiões como concheiros, casqueiros, berbigueiros ou sernambis, são depósitos pré-coloniais formados principalmente por conchas amontoadas por gerações.
Menores, mais planos e menos compactos que os sambaquis presentes ao longo da costa brasileira, em Ilhabela estes sítios receberam várias interpretações.
Foram construídos por antigos pescadores, caçadores e coletores do Arquipélago, muitos dentro de abrigos sob rochas, fato raro no estado de São Paulo.
Nestes locais foi encontrada grande quantidade de conchas, ossos de animais, artefatos líticos (machados, etc.) e restos de fogueiras e de sepultamentos humanos, alguns com pingentes e colares com dentes de animais e conchas.
SÍTIOS EM ABRIGOS SOB ROCHAS
Em diferentes períodos foram acampamentos ou locais para fins funerários.
Além de cerâmica, também são encontrados nestes sítios marcas de fogueira, utensílios de pedra, sobras alimentares e ossos humanos, como o do primeiro esqueleto escavado por arqueólogos de um sítio de Ilhabela.
Em uma das maiores grutas de granito do Brasil (190 m) foram identificadas 30 morfoespécies de invertebrados e vestígios que sugerem que o local pode ter sido um refúgio de escravos, o primeiro quilombo do Arquipélago.
​ SÍTIOS INDÍGENAS
Não há provas de que tribos tupi-guarani viveram em Ilhabela, apesar de terem dominado o Litoral Norte e usado a Ilha de São Sebastião para vários fins. Impressionante é que nos sítios Viana e Ilhote foram descobertos milhares de fragmentos cerâmicos que não são tupi e parecem ser da tradição Itararé, de tribos da cultura Macro Jê nunca antes registradas no litoral paulista.
Esses importantes sítios do estado de São Paulo são vestígios de agricultores que viveram há cerca de 600 anos.
SÍTIOS HISTÓRICOS
A maioria são ruínas coloniais dos séculos XVIII e XIX – fortes, fazendas, engenhos, igrejas, cemitérios, etc. – onde foram encontradas moedas, ferramentas, pederneiras, cachimbos e cacos de grés, porcelana, cerâmica neobrasileira e faiança europeia.
Infelizmente são poucos os vestígios das quatro fortificações que fizeram parte do sistema de defesa de Ilhabela. Com origem no século XVIII, apenas a murada do forte da Ponta das Canas resistiu ao tempo.
Mesmo possuindo uma das maiores concentrações de naufrágios do país, raros estudos foram realizados nesta área.
Apesar da carência de maiores investimentos, o potencial educacional e turístico do patrimônio arqueológico e histórico de Ilhabela é um dos maiores do Brasil.
OBS: Saques e vandalismo destroem páginas da história. Artefatos históricos devem ser vistos por todos em museus e exposições, ao invés de decorarem casas de pessoas egoístas. Quem ama Ilhabela denuncia!
* Popularmente chamada de Ilhabela, a Ilha de São Sebastião é a maior ilha do Arquipélago de Ilhabela